Основою прізвища Яковенко послужило церковне ім'я Яків. Нерідко стародавні слов'яни до імені новонародженого приєднували ім'я його батька, позначаючи тим самим приналежність до певного роду. Пов'язано це з тим, що хрестильним імен було порівняно небагато, і вони часто повторювалися. Доповнення ж до імені людини у вигляді батькового допомагало вирішувати проблему ідентифікації.
Чоловіче хрестильне ім'я Яків в перекладі з староєврейського означає «другий за народженням". В основу ж прізвища Яковенко лягла його слов'янська форма - Яків.
Яків - це ім'я відомого біблійного героя, молодшого з двох синів-близнюків Ісаака і Ревеки. Відомо, що Яків викупив у свого брата Ісава право первородства за юшку чечевиці, а потім хитрістю отримав в Ісаака благословення як первородний син. Дванадцять синів Якова від двох дружин (Лії і Рахілі) і двох наложниць (Зілпи і Бали) стали родоначальниками дванадцяти колін (племен). Після сутички з богом сам Яків отримав друге ім'я Ізраїль (Ісраель, буквально - він бореться з богом), а його сини стали називатися "сини Ізраїлю".
Прізвище Яковенко утворилася за допомогою суфікса-енко. Спочатку він мав наступні значення "маленький", "молода людина", "син". Тому Яковенко буквально розумілося як «син Якова". Пізніше древній суфікс-енко втратив своє пряме значення і зберігся лише в якості фамільного.
Швидше за все, засновник роду Яковенко був людиною з високим соціальним статусом. Справа в тому, що повними іменами звалися в основному представники соціальної верхівки, знаті або сімей, які користувалися в даній місцевості великий авторитет. Вихідців ж з інших станів, як правило, звали зменшувальними, похідними іменами.
Крім того, не виключено, що деякі представники прізвища Яковенко мають дворянське коріння. Так, відомо, що з дворян Полтавської губернії походить літератор Валентин Іванович Яковенко (1859-1915), син майора, бельського військового начальника, дрібного поміщика та його брат ЯКОВЕНКО ВОЛОДИМИР ІВАНОВИЧ 1857-1923, який у 1881 закінчив Військово-медичну академію та потім служив земським лікарем.
Є досить багато відомих представників прізвища Яковенко.
Леонтій Гнатович Яковенко (1909-1991), учасник Радянсько-фінської та Великої Вітчизняної воєн, генерал-майор авіації, Герой Радянського Союзу;
Павло Олександрович Яковенко (р. 1964), знаменитий радянський і український футболіст, півзахисник київського "Динамо".
Олександр Олександрович Яковенко (народився 15 серпня 1979 у м. Києві, СРСР) — український хокеїст, центральний нападник. Виступає за «Сокіл» (Київ) у Білоруській Екстралізі.
Арсен Ваагнович Яковенко (5 вересня 1991, Київ, Україна) — український піаніст та композитор.
* В Україні близько 38000 людей з призвіщем Яковенко
| 
